Научно-исследовательская деятельность ГАУЗ МКДЦ направлена на получение и применение новых знаний, улучшение качества оказания лечебно-диагностического процесса. Благодаря институту главных специалистов и тесному сотрудничеству с Казанским Государственным Медицинским Университетом, Казанской Государственной Медицинской Академией и Казанским Федеральным Университетом реализуются 69 научно-исследовательских проектов по следующим направлениям: